Penyakit yang disebabkan oleh bakteri adalah penyakit yang paling banyak menyebabkan kegagalan pada budidaya ikan air tawar. Penyakit akibat infeksi bakterial masih sering terjadi dengan intensitas yang variatif. Umumnya pembudidaya masih mengandalakan antibiotik sebagai ” magic bullet” untuk melawan penyakit bakterial. Jenis penyakit yang disebabkan oleh bakteri antara lain adalah penyakit merah yang disebabkan oleh bakteri garam negatif (Aeromonas hydrophila), penyakit columnaris atau luka kulit, sirip dan insang yang disebabkan oleh infeksi bakteri Flavobacterium columnare, penyakit tubercolosis yang tergolong sangat kronis disebabkan oleh bakteri garam positif Mycobacterium spp. dan penyakit Streptococciasis yang disebabkan oleh bakteri garam positif Streptococcus spp
